A ecoendoscopia é realizada da mesma maneira que uma endoscopia digestiva. Exige jejum de oito horas quando o estudo envolve trato gastrointestinal alto, ou preparo intestinal, quando envolve trato gastrointestinal baixo, realizada sob sedação endovenosa por anestesista.
A ecoendoscopia é um exame que nasceu da fusão entre o ultrassom e um aparelho de endoscopia. Assim, além de permitir o exame da mucosa do sistema digestivo, pode examinar toda a parede do esôfago, estômago, duodeno, reto e alguns órgãos e estruturas vizinhas tais como: o mediastino, o baço, os rins, a vesícula biliar, o pâncreas, o fígado, o colédoco, a próstata e estruturas vasculares.